Film dari seri Buku Teman Natsume. Natsume telah sibuk, menavigasi antara manusia dan Yokai ketika dia secara kebetulan bertemu kembali dengan teman sekelas lama, Yuki. Ini membawa kembali kenangan menyakitkan dari Yokai tertentu. Sementara itu, Natsume juga berkenalan dengan Yorie Tsumura, seorang wanita dalam ingatan seorang Yokai yang namanya telah dia kembalikan. Yorie tahu banyak tentang Reiko, tetapi sekarang menjalani kehidupan yang damai dengan putra satu-satunya, Mukuo. Berada bersama keluarga ini sangat menghibur bagi Natsume, tetapi ternyata Yokai misterius telah mengintai di kota mereka. Dalam perjalanan kembali dari penyelidikan, “benih Yokai” yang telah menempel pada Nyanko Sensei jatuh ke taman Fujiwara dan tumbuh dalam semalam menjadi pohon buah. Ketika Nyanko Sensei memakan buah yang entah bagaimana berbentuk seperti dirinya, dia tiba-tiba terbelah menjadi tiga!